Essa é uma ação que merece toda a atenção na ativação de dois fatores: atrelar a ativação a um software de autenticação como o Google ou Microsoft Authenticator.

Fazer com WhatsApp ou SMS não é errado. Só não é mais seguro do que o outro método, pois em caso de clonagem do seu celular, vai ficar fácil o bandido pedir os acessos de recuperação de suas senhas pelo WhatsApp ou SMS.